Vandliljer har spredte jordstængler og rødder, der forankrer planten dybt i mudderet af stadig frisk overfladevand. Rødderne optager næringsstoffer samt små reserver af vand. De behøver ikke at optage store reserver af vand, da anlægget er nedsænket; undersiden af bladene kan også optage vand.
Vandliljer har jordstængler i deres sprede rodsystem.Hardy vandlilje
Hardy vandliljerNår stængler, blade og blomster fra den hårdføre lilje rammes af frost og dør, forbliver roden sikkert forankret under vand, hvor temperaturen ikke går under frysepunktet. Planten kommer igen helt ud fra rødderne hver forår, forudsat at hele vandbassinet ikke fryser fast stof.
Tropisk vandlilje
Tropiske liljerFrosts kan dræbe hele den tropiske vandlilje, inklusive rødderne. Rødderne skal være dækket med mindst en fod af stille, frisk vand. Nogle tropiske liljer producerer knolde i nærheden af kronen, der kan høstes og plantes til nye vandliljer.
Rhizomernes natur
Rhizome er faktisk underjordiske stængler, der primært bruges til opbevaring. Vandlilje-rhizomer opbevarer kulhydrater og proteiner i hvilende perioder, især om vinteren. Om foråret frigiver jordstænglerne aminosyrer og kulhydrater for at understøtte hurtig skudvækst, indtil der er nok blade, der kan overtage fødevareproduktionen.
